Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta adalah Perguruan Tinggi Swasta di bawah naungan dan pembinaan Yayasan Kartika Eka Paksi (YKEP) TNI Angkatan Darat, dimana Kepala Staf TNI Angkatan Darat saat ini, Jenderal TNI Maruli Simanjuntak, M.Sc., adalah Ketua Pembina YKEP, dan Bapak Letjen TNI (Purn) Dr. Tatang Sulaiman, S.Sos, M.Si., adalah Ketua Pengurus YKEP. Hal tersebut memiliki makna bahwa Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta juga merupakan bagian dari YKEP maupun TNI Angkatan Darat.